De Beagle vertrok op 26 december 1831 uit Plymouth (in Engeland) onder leiding van Kapitein Fitzroy, naar het zuidwesten richting de Atlantische Oceaan. Aan boord van de Beagle werd Darwin heel erg zeeziek. De Beagle kwam 28 februari 1832 in Bahia (in Brazilië) aan. De volgende dag stond Darwin voor het eerst in een Braziliaans regenwoud. Hij vond het prachtig en begon de dieren te bestuderen en te verzamelen.

Hij zag daar bijvoorbeeld een vogelspin en een wesp vechten. Uiteindelijk won de wesp. Toen nam Darwin ze allebei mee voor zijn verzameling. Toen ze Bahia verlieten ging de Beagle richting Rio de Janeiro (in Brazilië). Maar Darwin bleef aan land om dingen te bekijken en verzamelen. Toen verliet de Beagle Brazilië en ging in zuidelijke richting vlak langs de kust van Argentinië naar Montevideo. Toen ze dicht bij de haven waren, kregen ze signalen van oorlogsschepen om hun kanonnen klaar te maken voor een slag.

Verder waar het rustiger was ging Darwin weer aan land om te gaan zoeken naar fossielen. Daar vond Darwin allerlei soorten fossielen, sommige van dieren die nog bestonden, en anderen van al uitgestorven soorten. Toen de Beagle de Stille Oceaan bereikte draaiden ze naar het noorden richting de Chileense kust. Darwin mocht daar weer aan land om dingen te verzamelen en bekijken. Vervolgens voer de Beagle naar de Galapagoseilanden.